مقایسه مدل ژنتیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بیجینگ با سایر سویه های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس با استفاده از روش miru-vntr

زمینه: اخیراًٌ نشان داده شده است که سوش های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ژنوتایپ بیجینگ، رابطه مستقیمی با مقاومت دارویی دارند. بنابراین روشی ساده و سریع برای تشخیص و تمایز ایزوله های خانواده بیجینگ مورد نیاز می باشد. هدف از این مطالعه، ارزیابی قدرت تمایز لوکوس های مختلف دو روش 15 miru-vntr و 12 miru-vntr برای سویه-های بیجینگ و مقایسه آن با سایر سویه‎های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس می باشد. مواد و روش ها ابتدا 105 سویه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس با روش های اسپولیگوتایپینگ شناسایی شدند، سپس با روش های 12 و 15 لوکوس miru-vntr مورد آنالیز ژنومی قرار گرفتند و تنوع آللی هر یک از لوکوس ها با استفاده از آزمون huntergaston discriminatory index (hgi) محاسبه شد. یافته ها: از 105 سویه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس با روش اسپولیگوتایپینگ، 20 سویه بیجینگ شناسایی شد (05/19 درصد). بررسی با روش 12 و 15 لوکوس miru-vntr در کل سویه ها نشان داد که 11 لوکوس جزء لوکوس های بسیار افتراق دهنده بودند (6/0hgi≥) که از بین آن ها لوکوس qub26 بالاترین قدرت تمایز را داشت (84/0=hgi). تعداد تکرارها در لوکوسqub11b برای سویه های بیجینگ اختصاصی بود. تنها لوکوس بسیار افتراق دهنده برای سویه های بیجینگ، miru16 بود. لوکوس های qub26، mtub21،miru39 ، miru27، miru23 و miru26 جز لوکوس های افتراق-دهنده متوسط (4/0≥hgi). نتیجه گیری: روش 12 و 15 لوکوس miru-vntr ساده و سریع هستند و برای تمایز سویه های بیجینگ از سایر سویه-های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مناسب می باشند، اما برای تمایز بین سویه های مختلف بیجینگ مناسب نمی باشند و الگوهای به دست آمده تقریباٌ مشابهند. قدرت افتراق روش 15 لوکوسی برای تمایز سویه های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بالاتر از روش 12 لوکوسی بود.